Otázka:
Můžeme popsat data syntetické biologické sekvence jako patřící k „druhu“ nebo „taxonu“?
Rebecca J. Stones
2017-09-07 11:26:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Za účelem testování fylogenetického softwaru používáme syntetická sekvenční data (tj. jsou generována počítačem a neexistuje žádný skutečný biologický organismus s touto např. sekvencí DNA). U údajů o biologické sekvenci v reálném světě bychom řekli, že sekvence patří do „druhu“ nebo „ taxonu“ (nebo „taxonomické skupiny“), ale je to nepřesné, protože neexistuje žádný skutečný druh nebo taxon .

Otázka : Můžeme popsat data syntetické biologické sekvence jako patřící k „druhu“ nebo „taxonu“?

Zajímalo by mě, jestli to je běžná praxe, navzdory syntetické povaze údajů.

Jak přesně byla syntetická čtení generována?
Používání evolveru, zabaleno s [PAML] (http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html).
Dva odpovědi:
agapow
2017-09-07 17:59:17 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Fylogenie mohou být vytvářeny s / nebo z jiných druhů. Myslím, že „taxon“ je naprosto v pořádku. Můžete také zvážit použití „listů / listů“ nebo „terminálu“, pokud chcete zdůraznit špičkovou povahu organismů. Dokonce i „sekvence“ by byla v pořádku.

Ninja upravuje můj vlastní návrh: protože vytváříte fylogenezi ze sekvencí neznámého kontextu nebo vztahu (tj. Nemůžete říci, že jde o sekvence z „druh“ nebo „OTU“ nebo odkudkoli), agnostické výrazy jako „taxon“ nebo „sekvence“ jsou správnější.

„Taxon“ se zdá být v literatuře často používán pro simulované sekvence. Viz [this] (https://academic.oup.com/mbe/article/23/11/2090/1325821/Exploring-the-Relationship-b Between-Sequence) nebo [this] (https: //academic.oup. com / mbe / article / 19/6/950/1094968 / Accuracy-and-Power-of-Bayes-Prediction-of-Amino) například
Kohl Kinning
2017-09-07 13:22:12 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Při pohledu na genomová data pro bakterie jsou taxony nad úrovní druhů funkční taxonomické jednotky (OTU). OTU jsou označeny na základě procenta identity sekvence (ve většině případů konkrétně 16S rRNA genové sekvence). Klasifikace je obvykle založena na všeobecném pravidle a některé hrubé pokyny jsou:

  • 97% pro rod
  • 94% pro rodinu
  • 88% pro objednávku

Používání OTU je běžnou praxí. Nevidím moc ideologický rozdíl v používání OTU se syntetickými daty.

Konstantinidis, K. T., & Tiedje, J. M. (2005). Směrem k genomové taxonomii pro prokaryoty. Journal of Bacteriology, 187 (18), 6258–6264. http://doi.org/10.1128/JB.187.18.6258-6264.2005

OTU jsou omezeny nad úroveň druhů: mohou být použity pro jakoukoli skupinu blízce příbuzných jedinců. Použití OTU má být agnostické, pokud jde o skutečnou skupinu nebo vztah, což zdůrazňuje, že ke skupině došlo „operativně“, tj. Metodicky. V každém případě mám pocit, že kontext, ve kterém se OTU obvykle používá, je docela odlišný od obecného fylogenetického problému.


ⓘ
Tyto otázky a odpovědi byly automaticky přeloženy z anglického jazyka.Původní obsah je k dispozici na webu stackexchange, za který děkujeme za licenci cc by-sa 3.0, pod kterou je distribuován.
Loading...