Otázka:
Jak opravit alfa, nikoli samotné hodnoty p, pro účely vizualizace
Ben D.
2017-06-12 22:06:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mám sadu různě methylovaných / vyjádřených / jakýchkoli entit s připojenými hodnotami p (příklad níže). 

  název_ entity entita p-hodnota magnitudeentity1 0,04459 0,68entity2 0,02283 0,99 ... entity_n 0,78 0,025

Obvykle používám funkci p.adjust v R s přístupem „fdr“ (Benjamini-Hochberg), aby mi byly ponechány p-hodnoty upravené pro ovládání FDR. 

  upravená <- p.adjust (mydata, "fdr")

Mám však zájem ukázat vulkánský pozemek s neupravenými hodnotami p a dvěma hladiny alfa: 0,05 a jedna, která odpovídá korekci. Jaký je nejlepší způsob získání této alfa verze? Je vhodné nastavit „opravenou alfa“ na nejnižší původní hodnotu p, která neprojde korekcí FDR?

Dva odpovědi:
Devon Ryan
2017-06-12 23:22:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jediným způsobem, jak získat úrovně alfa, je určit, jaké budou pomocí funkce p.adjust () , protože budou záviset na distribuci vašich neupravených hodnot p. Obecné kroky, které byste měli dodržovat, budou:

  1. Přidejte do svého datového rámce sloupec upravených hodnot p ( mydata $ padj = p.adjust (mydata, method = "BH") , který je stejný jako FDR a uloží znak).
  2. Použijte which a max k určení dvou mezních hodnot alfa (např. , max (mydata $ pvalue [mydata $ padj < 0,05])

Pak můžete své grafy upravit, jak chcete (pravděpodobně s vodorovnými čarami na různých alphas). Ať už vezmete nejmenší nevýznamnou hodnotu nebo největší významnou hodnotu, je jen na vás, popište, co představují „tečky na řádku“.

Nejsou prahové hodnoty alfa obvykle exkluzivní? Tj. mělo by to být `<0,05`, nikoli` <= 0,05`.
Pokud na tom záleží, nepoužíváte p-hodnoty správně. Viz [ASA position statement] (http://www.amstat.org/asa/files/pdfs/P-ValueStatement.pdf).
@KonradRudolph Ano, dobrý úlovek, opravil jsem to. Ve své mysli jsem měl zjevně> = a min ().
gringer
2017-06-13 01:51:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Když provádíte úpravu hodnoty p, stejné neupravené hodnotě p v různých genech mohou být přiděleny různé upravené hodnoty p v závislosti na dalších faktorech. To znamená, že nemůžete přímo nakreslit čáru spojenou s FDR na grafu neupravené hodnoty p.

Jednou z možností by bylo použít řadu hodnot, které se blíží prahové hodnotě FDR (např. 20 hodnot nejblíže prahové hodnotě) a v této oblasti nakreslete hodnotu p greyzone: 

  #! / usr / bin / Rscriptvalues ​​<- c (rnorm (10 000), rnorm (100, průměr = 1,5)); val.mean <- medián (hodnoty); val.diffs <- abs (hodnoty - medián (hodnoty)); val.reldiffs <- (hodnoty - medián (hodnoty)); val.pval <- pnorm (val.diffs, průměr = průměr (val.diffs), sd = sd (val.diffs), lower.tail = FALSE); val.padj <- p.adjust (val.pvals, metoda = "BH") ; fdr.threshold <- 0,1; close.bh <- order (abs (val.padj - fdr.threshold)) [1:20]; png ("SE.663.png"); plot (val.reldiffs, - log10 (val.pval), col = ifelse (1:10 100 < = 10 000, "darkblue", "darkgreen")); abline (h = -log10 (0,05), col = "red"); text (0, - log10 (0,05), "p = 0,05", pos = 1); abline (h = běh ge (-log10 (val.pval [close.bh])), col = "# 00000040", lty = "přerušovaný"); rect (xleft = min (val.reldiffs) * 2, xright = max (val.reldiffs ) * 2, ytop = max (-log10 (val.pval [close.bh])), ybottom = min (-log10 (val.pval [close.bh])), col = "# 00000020", ohraničení = NA ); text (0, min (-log10 (val.pval [close.bh])), "FDR = 0,1", pos = 1); neviditelný (dev.off ());

Volcano plot of p-values with FDR greyzone

Proč přiřazení `` figuríny <-`?
Je to moje výchozí řešení, abych přestal hlásit `nulové zařízení / 1` na standardní hodnotu. Změnil jsem to na ʻinvisible (dev.off ()) `, které dělá totéž (a je pravděpodobně popisnější ohledně jeho účelu).
Ah. Odpis mi tady nikdy nevadil. Není to tak, že by to bylo zapsáno na výstup ve skutečném skriptu / dokumentu.
Někdy posílám standardní výstup do souborů a analyzuji to. Právě jsem si navykl zbavit se takových věcí, abych z neznámých důvodů nevytvářel divné chyby. Mám také problém s funkcí „skenování“, kterou při použití umlčím.


ⓘ
Tyto otázky a odpovědi byly automaticky přeloženy z anglického jazyka.Původní obsah je k dispozici na webu stackexchange, za který děkujeme za licenci cc by-sa 3.0, pod kterou je distribuován.
Loading...