Otázka:
Co je to web pro přepínání šablon?
gc5
2018-04-07 00:07:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Reading Islam et al. (2011):

Z každého přepisu se získá jedno čtení, které odpovídá místu pro přepínání šablon umístěnému přednostně na 59 konci mRNA.

Přečtením této stránky si myslím, že místo pro přepínání šablon je další sada nukleotidů přidaných na 3 'konec nově syntetizované cDNA, které slouží k ukotvení oligonukleotidu použitého reverzní sekvencí transkriptázy k syntéze druhého řetězce cDNA. Říká se tomu přepínání šablon, protože reverzní transkriptáza přepíná řetězec po dosažení této sady nukleotidů.

Je to správné?

  1. Islam, S. a kol. Charakterizace transkripční krajiny pro jednu buňku vysoce multiplexním RNA-seq. genome.cshlp.org21, 1160–1167 (2011).
Jeden odpovědět:
plat
2018-04-10 17:17:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ze stránky , kterou jste citovali:

Během syntézy prvního řetězce, po dosažení 5 'konce templátu RNA, je aktivita terminální transferázy MMLV reverzní transkriptáza přidává několik dalších nukleotidů

Obvykle jsou to CCC (první je téměř vždy C a ostatní dva většinu času), viz: Zajac et al., 2013

Tyto CCC se používají k naplnění Oligo pro přepínání šablon (TSO), které má GGG a cokoli, co chcete do sekvence přidat (například UMI a adaptéry).

Takže odpověď na vaši otázku polimeráza nepřepíná vlákna , přepíná z mRNA jako šablony na TSO jako šablonu . Z tohoto důvodu se nazývá přepínání šablon.

enter image description here

Vidíte to v grafu z citované stránky. V kroku přechodu templátu přepněte polimerázu z mRNA na TSO a pokračujte v syntéze prvního řetězce cDNA pomocí TSO jako templátu.



ⓘ
Tyto otázky a odpovědi byly automaticky přeloženy z anglického jazyka.Původní obsah je k dispozici na webu stackexchange, za který děkujeme za licenci cc by-sa 3.0, pod kterou je distribuován.
Loading...