Otázka:
Jaké jsou počtové jednotky v DEseq2?
julianstanley
2018-01-27 03:53:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Předpokládám, že je to docela hloupá / jednoduchá otázka.

Které jednotky se počítají DESeq2? Nebo jsou jednotky libovolné, ale interně konzistentní odhad skutečných čtení?

Jeden odpovědět:
Devon Ryan
2018-01-27 04:00:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Počty jsou „čtení“ pro datové sady s jedním koncem a „fragmenty“ pro datové sady s párovým koncem. Jinými slovy, to jsou to, co featureCounts a htseq-count produkují. „Normalizované počty“, ke kterým budete mít přístup v DESeq2, jsou, jak je výstižně pojmenováno, jednoduše normalizované verze, takže hodnoty jsou srovnatelné napříč vzorky.



ⓘ
Tyto otázky a odpovědi byly automaticky přeloženy z anglického jazyka.Původní obsah je k dispozici na webu stackexchange, za který děkujeme za licenci cc by-sa 3.0, pod kterou je distribuován.
Loading...