Z tohoto dokumentu to vypadá, že cesta REMARK 250 je správná.

EDIT:

Ve skutečnosti po důkladnějším prozkoumání dokumentace; POZNÁMKA 3 může být tím důležitějším, co potřebujete. V této části jsou uvedeny další nástroje.

POZNÁMKA 3 uvádí informace o použitých programech zdokonalování a související statistiky. Pro nedifrakční studie se k popisu provedeného upřesnění používá REMARK 3, ale jeho formát je většinou volný text.

Další informace Poznámka 3

Ze stejného zdroje, jaký si sami odkazujete v 3.3, tvrdím, že REMARK 0 by byl přesnější než REMARK 250 .

POZNÁMKA 0 (aktualizováno), upozornění na refinement REMARK 0 označuje položky, u nichž bylo provedeno refinement pomocí dat z existujícího záznamu. Tato poznámka také popisuje kód PDB a záznamy deníku pro původní soubor dat.

Zatímco při zvažování definice REMARK 250

- který následuje přímo:

• REMARK 205 (specifické pro experiment s optickými vlákny),
• REMARK 201 (a REMARK 215/217 all specific to NMR experiment),
• REMARK 230 (neutron diffraction study),
• REMARK 240 (studium elektronové krystalografie) a
• REMARK 245 (a REMARK 247 : specific to EM study)

POZNÁMKA 250, Další typ experimentu Podrobnosti

Poznámky specifické pro jiné druhy studií, které nejsou uvedeny výše. POZNÁMKA 250 je povinná, pokud se nejedná o rentgenové, NMR, neutronové nebo elektronové studie. Formát data v této poznámce je DD-MMM-RR. DD je den v měsíci (číslo 01 až 31), MMM je anglická třípísmenná zkratka pro měsíc a YY je rok.

a poté POZNÁMKA 265 je také o krystalografickém experimentu.

Proto vím, že osobně obvykle předpokládám, že vše, co je anotováno v REMARK 250 , je pro mě relevantní pro první akviziční experiment.

Další důvod, proč jsem více nakloněn myslet si, že REMARK 0 je přesnější, je to proto, že definice REMARK 0 byla aktualizována , zatímco REMARK 6-99 are are no for use of free text annotation .

BTW, nejsem si jistý, jak by Pdb_extract udělal s poznámkami při převodu Soubor PDB do souborů CIF. Pravděpodobně by stálo za to prozkoumat stránku PDB to PDBx / mmCIF Data Item Correspondences.

Použijte jakékoli číslo POZNÁMKA, které není rezervováno pro něco jiného.

Pole POZNÁMKA bylo původně určeno pro obecné poznámky. V popisu formátu z roku 1992 byla pro konkrétní věci vyhrazena pouze čísla 1 až 3, s poznámkou: Další obecný komentář je uveden v poznámkách s vyšším číslem .

Poté v v příštích letech byla vyhrazena (a někdy i vyřazena) další čísla poznámek pro různé konkrétní poznámky. Obsah poznámek se stále více formalizoval, aby bylo snazší analyzovat pomocí počítačů. specifikace z let 1996 a 1998 doporučují:

Nestandardní poznámky k poznámkám nebo ty, které nemají jasně definované téma nebo přiřazené číslo poznámky, se objevují s poznámkou číslo 6 nebo větší, ale menší než poznámka číslo 100.

Stále se řídím touto radou. Obecně se rozumí, že při analýze souborů PDB mohou mít vlastní záznamy REMARK. Viděl jsem také programy že výstupní poznámky bez čísel - a to také nezpůsobuje problémy s žádnou rozumnou čtečkou PDB. Na druhou stranu použití poznámek s čísly vyhrazenými pro velmi konkrétní věci (například poznámka 250 v nejvíce hlasované odpovědi) může způsobit zmatek.

Aktuální specifikace (z roku 2012) je přesný popis souborů obsluhovaných wwPDB. Nepokouší se definovat formát pro další použití, například pro předávání dat mezi programy. V části o POZNÁMKA 6-99 má poslední odrážku, která říká: „POZNÁMKY 6-99 již nejsou pro použití anotace volného textu“, protože tyto poznámky byly odstraněny ze starých položek PDB. Ale nebrání to v použití mimo wwPDB.