Otázka:
Jak počítat čtení v intervalu bam na postel s nástroji
benn
2017-08-17 18:10:12 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nedávno jsem nainstaloval Ubuntu 16.04 (protože jsem stále používal 12.04). Ale zdá se, že moje skripty nástrojů už nefungují správně. Nedokážu přijít na to, jak používat nové bedny pro mé staré způsoby. To, co chci udělat, je získat počet načtení ze souboru bam za interval ze souboru postele. S mojí starou verzí Ubuntu a bedtoolů to bylo velmi jednoduché: 

  pokrytí bedtoolů -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt

Ale zdá se, že to už nefunguje. Dříve jsem jako výsledky získával malé soubory (~ 3 MB), ale nyní se vytvářejí obrovské soubory (~ 4 GB) včetně jmen pro čtení ??

Nyní používám bedtools v2.25.

Jeden odpovědět:
Devon Ryan
2017-08-17 18:21:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Pořadí -a a -b se v určitém okamžiku změnilo. Chcete: 

  pokrytí bedtoolů -a All_peaks.bed -b soubor.bam > soubor.cov.txt

Pro informaci je to konec výstup nápovědy ve verzi 2.25: 

  Výchozí výstup: Po každé položce v A uvádí: 1) Počet funkcí v B, které překrývaly interval A. 2) Počet bází v A, které měly nenulové pokrytí. 3) Délka záznamu v A. 4) Zlomek bází v A, které měly nenulové pokrytí.

A toto je ekvivalentní výstup z verze 2.19: 

  Výchozí výstup: Po každém vstupu v B hlásí: 1) Počet funkcí v A, které překrývaly interval B. 2) Počet bází v B, které měly nenulové pokrytí. 3) Délka záznamu v B. 4) Zlomek bází v B, které měly nenulové pokrytí.

Aktualizace : Došlo ke změně chování ve verzi 2.24:

Změnili jsme chování nástroje pro pokrytí tak, aby bylo v souladu s ostatními nástroji. Konkrétně se nyní počítá pokrytí pro intervaly v souboru A na základě překrytí souborem B, spíše než naopak.

Díky Devone! Nevěděl jsem o „přepínači“. Přepínání -a a -b opravdu vyřeší můj problém!


ⓘ
Tyto otázky a odpovědi byly automaticky přeloženy z anglického jazyka.Původní obsah je k dispozici na webu stackexchange, za který děkujeme za licenci cc by-sa 3.0, pod kterou je distribuován.
Loading...