Peter
2017-06-08 14:00:53 UTC
Mám mnoho zarovnání z databáze Rfam a chtěl bych je upravit. Viděl jsem, že pro zarovnání sekvence proteinů se používá mnoho nástrojů, ale existuje něco specifického pro úpravu zarovnání RNA?
např. Stockholmské vyrovnání pistole (jen pár záznamů).
FP929053.1 / 1669026-1668956 AGUGGUCACAGCCACUAUAAACA-GGGCUU-UAAGCUGUG-AGCGUUGACCGUC ---------- ACAA ----- CGGCGGUCAGGUAGUCAFOX01000025.1 / 1981-19UGU -UAAGCUCAG-AGCGUUCACCGGG ---------- AUCA ------ UUCGGUGAGGUUGGCHE577054.1 / 3246821-3246752 ACUCGUCUGAGCGAGUAUAAACA-GGUCAU-UAAGCUCAG-AGCGUUCACCGGG ---------- AUCA ---- --UGCGGUGAGGUUGGCCP000154.1 / 3364237-3.364.168 GUUCGUCUGAGCGAACGCAAACA-GGCCAU-UAAGCUCAG-AGCGUUCACUGGA ---------- UUCG ------ UCCAGUGAGAUUGGC`` # = GC SS_cons <<<<__AAAAA_>>>> ------- .. <<<< -.---- aaaaa .---- <<<<<<<<< ..........____....._ >>>>>>>>> - >>>>`` # = GC RF acUCGUCuggGCGAguAUAAAuA..cgCaU.UAgGCccaG.AGCGUcccggcgg .......... uUau ..... uccgccgggGGUuGcg //
Existuje nějaký důvod, proč nemůžete použít svůj preferovaný nástroj pro úpravu zarovnání proteinů? Formát je stejný, nikdy jsem nenarazil na editor zarovnání, který by se dokázal vyrovnat s přizpůsobením proteinů, ale ne s nukleotidy.
Ano, protože zatím nemám preferovaný nástroj a tato otázka by rozšířila můj horizont možností. Protože je možné, že někdo, kdo používá k úpravám RNA, dává přednost softwaru, protože jeden je možná optimalizován více než jiný. Protože bioinformatika je tak rozsáhlá a každý den se rodí nové nástroje, nechápu, jak by to mohla být hloupá otázka.
Ach, hej, nikdo neřekl, že to byla hloupá otázka! Jen jsem se zeptal, proč jste specifikovali RNA pro případ, že byste potřebovali konkrétní vlastnost. Obecně je zarovnání sekvence zarovnání sekvence a nedělá to velký rozdíl, pokud jde o protein, DAN nebo RNA. To znamená, že RALEE má některé vlastnosti specifické pro RNA.