TasosGlrs
2017-06-09 14:15:27 UTC
Dostal jsem přizpůsobený soubor GRCh38.79 .gtf (upravený tak, aby neobsahoval žádné geny MT) a potřebuji z něj vytvořit referenční genom (pro potrubí 10xGenomics CellRanger). Mám podezření, že část .79 je číslo Ensembl, které je podle tohoto seznamu archivu souborů spárováno s opravou GRCh38.p2.
Mám použít soubor fasta této opravy nebo bylo by v pořádku použít některou z oprav GRCh38?
Zvažovali jste zasílání e-mailů 10xGenomics a dotazování? Už jim platíte peníze za jejich produkty, takže vám odpoví.
Vím, jak vytvořit referenční genom pomocí cellrangeru, v takovém případě by mohli pomoci. Moje otázka je více o tom, jak funguje verzování GRCh ##, pro které si myslím, že zde je lepší a rozhodně rychlejší místo, kde se ptát, než 10xGenomics.
Různá vydání Ensembl jsou spojena s patche genomu s různými patchovými kontigy, takže se stává otázkou, zda jejich software zvládne chybějící kontigy.
Dobře, správně! To je otázka, kterou bych jim měl položit. Díky @DevonRyan. Pokud je však jejich odpověď kladná, bylo by stále podstatně lepší použít obě části stejného vydání, nebo to moc nezměnilo?
Pokud to nerozbije jejich software, pak by to nemělo vadit :) Ve skutečnosti je triviální odstranit celý chromozom z GTF, takže stačí použít GTF / fasta z nejnovějšího vydání Ensembl a dostanete o něco spolehlivější výsledky.
BTW, buďte povzbuzeni, abyste zveřejnili svou odpověď, od té doby bude indexována na google.